О настанку и далекој прошлости Сомбора историчари још и данас воде полемику. Разлог томе су непотпуни и оскудни историјски извори, међутим највише њих до сада има уверење да је у 14. веку на властелинском имању разгранате угарске породице Цобор почела убрзаније да се развија насеобина, настала још пре њиховог доласка, о којој документ из 1360. године казује да је у власништву властелина са именом Цобор Сент- Михаљ. Они ће се касније, када је насеобина ојачала, представљати као Цобори од Цобор Сент-Михаља. Временом се Цобор Сент-Михаљ увећавао и напредовао, а такође се увећавао број домова и жетеља око каштела, што је Цоборима погодовало јер су тако били моћнији у међусобним велепоседничким обрачунима. Опасност од Турака убрзава одлуку која је одраније сазревала о потреби подизања стаменог утврђења, и 1478. године Цобори га, уз дозволу мађарског краља Матије Корвина подижу, и то им повећава ионако велики углед који су уживали.

У свом првом походу Турака према Будиму, 29. августа 1526. године, одиграва се на Мохачком пољу пресудна битка, где је до ногу потучена угарска војска, али Цобор Сент-Михаљ у турске руке пада тек након петнаест година, 1541. иако га од Мохачког поља дели свега педесетак километара. Две године по турском освајању, 1543. први пут се наводи име Сомбор за насеобину коју освојише, и то име се одржа до данашњих дана. Међутим, то не беше једино зебележени назив за ово место, те још увек влада несагласност о правом пореклу његовог имена. У различитим изворима наилазимо на назив Самобор, у значењу "бор на осами", те Самбор, Самбир, Сонбор, Санбур, Зибор па чак и Зомбар. Неки мађарски истраживачи указују на могући извор назива насеобина у српском предању, по којем је после мохачке битке то место било средиште српских салаша, те је одатле настао Сабор - Собор, касније име Сомбор, које "означава нешто што окупља, уједињује". Али готово је важеће мишљење да је име племићке породице Цобор у основи данашњег назива.

Иза Турака у Сомбору није остало готово ништа од споменика материјалне културе, који би поузданије сведочили о њиховом боравку, међутим они су у њему оставили неизбрисив и данас видљив печат у препознатљивом урбаном обликовању града. О томе сведочи запис чувеног путописца Евлије Челебија, који је 1665. године посетио Сомбор у коме стоји: " То је велика варош која се налази на југоисточној страни тврђаве и која је окружена виноградима, башчама и ограђеним вртовима... Постоји свега четрнаест муслиманских богомоља, од којих се истиче Пашина џамија... Ту се налази две хиљаде добрих, пространих, ћерамитом покривених кућа, приземних и на спрат... Само у овом шехеру нема текућих вода, али је јако богато место... Сва тамошња раја нису Мађари, него Власи-хришћани. Ова места су нешто посебно, она не припадају Маџарској, него се убрајају у вилајет Бачку и Влашку... Већина становника су трговци, а сви носе крајишко одело; врло су уљудни и храбри људи".

После века и по патње житељи Сомбора 12. септембра 1687. године са великом радошћу и одушевљеном добродошлицом дочекаше аустријске регименте као ослободиоце. Убрзо ће овде доћи до насељавања у таласима: најпре, 1687. под вођством Доминика Дује Марковића и Јуре Видаковића дође 5.000 Буњеваца, а потом 1690. дођоше и Срби предвођени Арсенијем ИИИ Чарнојевићем, у својој последњој великој сеоби, јер се оне пре ње, понекад и веће, углавном и не помињу. Сомбор већ тада постаје граничарски град, са својим капетанима на челу, од којих ће први међу њима, Дујо Марковић, предводећи 200 коњаника и 600 пешадинаца из Сомбора, смртно страдати у боју код Сланкамена 1691.

11. септембра 1697. године одиграва се битка код Сенте, где 500 Сомбораца предвођени капетаном Јајићем, својом храброшћу доприносе тријумфу аустријског над турским оружјем и великој слави принца Еугена Савојског, и која поред тога представља пресудни моменат за даљу судбину Турака, који страховито потучени бивају пребачени преко Саве и Дунава, што ће две године касније 1699. бити и званично потврђено Карловачким миром.

1699. године у Бачкој жупанији је пописано 14 насеља, а Сомбор са великим угледом постаје седиште среза у жупанији, а одмах по установљењу војних шанчева, у утврђених места Аустрије на граници са Турском, Сомбор добија нов статус и 1702. године постаје оппидум фоссатум у саставу Потиско-поморишке војне крајине, а његови житељи у великој већини се определише за војнички позив. Године 1717. Сомбор се уздиже у оппидум милитаре, а те године је отворена и прва Вероисповедна православна основна школа, а пет година касније и Римокатоличка основна школа.

Пошто је непосредна опасност од Османлија прошла, почео је велики притисак жупанијских власти и угарске аристократије да буду укинуте војничке вароши и привилегије сомборских милитара (које су добили од Аустријске царевине у виду земљишних поседа и неплаћањем пореза на приходе са њих), тако да они буду претворени у паорију или да се иселе у друге градове. Царица Марија Терезија, невољно, 1741. године потписује XВИИИ законски члан, којим се војничке вароши потчињавају под жупанијску надлежност, а одред милитара се расформирава и 1745. године Сомбор се укључује у састав Бачке жупаније и предаје на управу Угарској дворској комори, односно Бачкој коморској администрацији. Међутим, Сомборци се нису препустили судбини да изгубе свој привилегован положај и крећу у дугу и неизвесну борбу за елибертацију своје вароши.

Коначно, 17. фебруара 1749. године уз високу цену (150.000 рајнских форинти у злату је уплаћено у царске трезоре, што је са пратећим таксама и приспелим каматама тешко оптеретило град дуговима, које ће отплатити тек 1766. године), царица Марија Терезија потписује повељу којом се Сомбор уздиже у ранг слободних и краљевских градова, и која је на свечан начин предата Сомборцима 24. априла 1749. године.Сомбор је овим чином веома много добио. Граду је припало и 11 пустара на којима су временом заснована салашка насеља; она су, углавном, и данас задржала раније називе: Буковац, Чичови, Градина, Иваново Село, Шапоње, Билић, Ненадић, Каракорија, Ранчево, Браћевац и Пипереш.

Велики подстицај за напредак Сомбор је добио 1786. године када постаје стално седиште велике Бачко-бодрошке жупаније, која је као друга по величини у Угарској захватала цео простор између Дунава и Тисе, на северу граница јој је ишла испод Калоче, а у њеном саставу су, уз остале вароши, били и Суботица и Нови Сад. Међутим, због догађаја који је из темеља уздрмао до тада стабилну Аустријску царевину, па и читаву Европу - буржоаско-демократске револуције (1848/49.), Сомбор није избегао судбину осталих насеља са ових простора (често је мењао господаре, трпио пљачке и паљевине), и Сомборци су и сами удовољавајући бројним наметима у новцу и храни током и након слома револуције, када је лоше обрађивана земља преполовила приносе, тешко осиромашили, али ипак успели очувати свој град од великих разарања и тиме створити предуслове да се он за кратко време материјално опорави и настави путем започетог развоја. Оснивају се бројне културне, образовне у банкарске установе, отвара се прва штампарија, Сомбор постаје важан административни, трговачки, занатски, саобраћајни и културно-образовни центар. У њему се калдрмишу путеви и граде тротоари, а 1869. године стиже и прва железница, те ће ускоро возови у Сомбор стизати из седам пружних праваца.

Напредак Сомбора ће потрајати до размеђа 19. и 20. века, када - без обзира што 1905. године град добија и електричну струју, убрзано се електрифицирајући - почињу да јављају први знаци стагнације, који ће се умножити након Првог светског рата и кулминирати поделом Краљевине Југославије на бановине, када се укидају жупаније, а Сомбор улази у састав Дунавске бановине.

Центар бановине се сели у Нови Сад, а тиме и све значајније управне, судске и друге жупанијске установе. Сомбор, који је одувек грађен да буде центар, одједном се нашао у неповољном залеђу, ван магистралних праваца, са никад јаком привредом, чије богато културно наслеђе остаде као одблесак негдање славне прошлости и превелико оптерећење за смањене материјалне могућности. Међутим, Сомборци су се истакли и у припремању и одржавању Велике народне скупштине у Новом Саду, на којој је 25. новембра 1918. године донета одлука о отцепљењу "... српског, буњевачког и осталог словенског народа из бивше Војводине од Угарске и присаједињење Баната, Бачке и Барање Краљевини Србији, а уједно је изражена жеља да се оснује јединствена држава Срба, Хрвата и Словенаца".

У подне 12. априла 1941. године хортијевци без отпора умарширавају у Сомбор, и до 16. априла бива побијено 85 недужних Сомбораца. Убрзо ће уследити прогон свих Срба добровољаца из Првог светског рата и њихових потомака у логоре широм Мађарске. Највише ће пострадати села Алекса Шантић и Растина, чији ће сав живаљ бити покренут са својих огњишта. Прогон Јевреја у немачке концлогоре ће у највећој мери уследити пред крај рата. Сомбор са околином ће своју слободу платити са 1.195 жртава.

Слобода је на сомборске улице дошла 21. октобра 1944. године, али са њом не и крај ратних страдања. Током новембра исте године, у непосредној близини Сомбора, у великој Батинској епопеји и завршним операцијама за ослобођење Југославије, гинуће за борбу недовољно обучени млади Сомборци. У исто време његови житељи ће исказати невиђени ентузијазам у опслуживању великог Болничког центра број 2, кроз који је за кратко време од почетка Батинске битке прошло преко 28.000 рањених и оболелих партизана и црвеноармејаца.