У северозападном делу пространих бачких равница, на левој обали Дунава, сместио се Апатин, један од најлепших градова Војводине.
Изузетно повољан географски положај, близина реке и природна богатства овог краја (плодно земљиште, шуме поред реке, обиље рибе по ритовима и рукавцима и дивљач у шумама) одувек су привлачили људе да се овде насељавају, па се тако још у праисторији смењују културе Сармата, Келта, Гота и других народа.
У И веку, за време римских освајања, насеље је претворено у војни шанац са утврђењима и имало је значајну улогу у одбрани провинције Паноније. У ВИ веку долазе Словени, а 896. године Мађари и на овом простору оснивају своју државу у којој су ипак Словени чинили већину становништва.
Апатин се први пут спомиње у писаним документима 1011. године, а име је добио по опатији Калочке бискупије.
У XИВ и XВ веку на овим просторима су феудална имања, чији су господари подигли дворце око којих се насељавају рибари, ловци, лађари и воденичари. Апатин се 1417. године спомиње као посед Стефана Лазаревића. Под турску власт пао је 1541. године и био под њом пуних 140 година.
Део избеглица из велике сеобе под Арсенијем Чарнојевићем 1690. године насељава се у Апатину, Сомбору и Пригревици. 1748. године у Апатин долазе немачки колонисти, а српска насеља су силом расељена, углавном у Стапар. Колонисти су дошли из разних крајева. Сабирни центар је био у Улму, а одатле су превожени Дунавом до Апатина, који је постао главна база немачке експанзије у Војводини, добијајући притом и посебну подршку у развоју. Недалеко од пристаништа подигнута је црква и изграђен центар са тргом. Подижу се јавне зграде, школе, рибарске станице, занатске радионице и стамбене зграде. Дворска комора убрзано подиже и привредне објекте: 1756. пивару и пецару, а 1764. једну од највећих текстилних радионица у Бачкој. 1760. године Апатин је проглашен за град и стално трговиште са посебним статусом.
Крајем XВИИИ века катастрофална поплава продрла је у стари центар, уништила га са свим објектима, те са собом однела и пола насеља. Нови центар формиран је североисточно од Пиваре, чиме је утемељено уобличавање града које се у великој мери сачувало и до данас. Током XВИИИ и прве половине XИX века Апатин је доживео снажан економски успон, пре свега захваљујући занатству, трговини и бродоградњи. Већ 1869. године основане су банке и штедионица, чиме су отворена врата и убрзаном индустријском развоју. Велики број циглана (36) производио је циглу и цреп, а њима су грађени и покривени многи објекти у Бечу и већина у Пешти. 1912. године Апатин је повезан железничком пругом са Сомбором и Сонтом. 1920. године основано је бродоградилиште, које је у новије време модернизовано и једино на целом току Дунава опремљено специјалним лифтом за брзо извлачење бродова на док.
После капитулације Југославије 1941. године Апатин је ушао у састав Хортијеве Мађарске. За време Батинске битке фронт се протезао све до Апатина и Богојева, а сам град је постао права ратна база. Партизанске јединице ослободиле су Апатин 24. октобра 1944. године.
Према плану колонизације, новембра 1945. године, у Апатин су стигле прве борачке породице из Лике и национални састав града је промењен. До 1953. године укупно је насељено 1.061 породица са 6.258 чланова.